廢水處理有很很多種方法，但生物菌處理法因操控簡便、成效明顯、底費用、自然環保性、二次傷害少等優點，目前已經成為最重要的廢水處理工藝。其中生物膜法、活性污泥法等方法，基本是通過微生物的分解才能夠達到凈化處理水質的目的。

現代工業化污水中的污染源品種相當復雜。為了達到污水中污染物降解的目的，經過一系列研究克服和培育，可以去除氨氮、BOD、COD、SS、硝酸根、硫酸根、色度、臭味、毒性物質、化合物污染物等。廢水處理經前端預處理，再經生化厭氧、好氧階段，可有效降解水內各種污染物。

廢水處理微生物菌種按其作用重要可分為下面幾種類型：

1.硝化細菌：是一種好氧性菌類，含有亞硝酸菌和硝酸菌。生活在有氧的水內或砂層中，在氮循環水處理流程中扮演著很重要的作用。普遍存在大自然不同角落里，空氣、河流、海洋、土壤層都有，生物學中發現的硝化細菌有幾千種之多。

2.反硝化細菌：反硝化細菌是一種能引起反硝化效果的菌類。多見異養、兼性厭氧菌類，如反硝化桿菌、斯氏桿菌、螢氣極毛桿菌等。它們在氙氣條件下，利用硝酸中的氧，氧化有機物質而得到本身生命活動所需的能量。反硝化細菌普遍散布于土壤層、和污水中。能夠將硝態氮轉化為氮氣而不是氨氮。重要運用于廢水處理,如園林景觀水管理,都市河道管理,水產養殖處理等。

3.硝化反硝化復合微生物菌種：具備硝化和反硝化雙重效果的復合微生物菌種，在廢水處理環境日益復雜的情況下，單一利用硝化或反硝化微生物菌種越來越難達到微生物菌種平衡。

4.COD降解微生物菌種：COD降解菌重要運用于污水生化池降解COD指標利用。重要降解廢水中的COD，改善水質色度、增大淤泥絮體顆粒、調整淤泥絮體結構，按捺藻類成長繁。污水生化池有機物濃度過高或許生化池容積較小時，高負荷污水流入簡便對生化池中的微生物形成沖擊。對于通過預處理后污水的高濃度COD指標，在生化池培育微生物菌種流程中，可適當投加一些COD降解微生物菌種，能有用的去除COD，并能更好的穩定生化體系。

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